中華人民共和國南京海關(guān)于1979年1月1日 正式成立。這是黨的十一屆三中全會召開以后，我國在長江內(nèi)河設(shè)立的第一個海關(guān)機構(gòu)。經(jīng)過20多年的發(fā)展，南京海關(guān)各項工作取得顯著進步，已步入海關(guān)系統(tǒng)大關(guān)行列。

南京海關(guān)直屬國家海關(guān)總署領(lǐng)導，現(xiàn)為正廳局級海關(guān),負責江蘇省內(nèi)各口岸進出境貨物、運輸工具監(jiān)管，進出境人員行李物品驗放，同時辦理征收關(guān)稅和其他稅費，查緝走私，編制海關(guān)統(tǒng)計等海關(guān)業(yè)務(wù)。截止2002年底，南京海關(guān)下轄2個副廳局級海關(guān)，19個正處級海關(guān)，15個副處級辦事處，以及1個緝私局和9個緝私分局。南京海關(guān)堅持“從嚴治關(guān)”方針，培養(yǎng)造就了一支愛崗敬業(yè)、廉潔奉公、精通業(yè)務(wù)的海關(guān)隊伍。

南京海關(guān)的監(jiān)管區(qū)域為江蘇省全境，隨著江蘇省對外開放的不斷擴大，南京海關(guān)業(yè)務(wù)工作成績突出，監(jiān)管進出口貨運量，征收關(guān)稅和進口環(huán)節(jié)稅，辦理加工貿(mào)易備案料值等主要業(yè)務(wù)指標在全國海關(guān)排名前列。南京海關(guān)始終保持打擊走私高壓態(tài)勢，對各類走私違法行為嚴防猛打，有力地維護了江蘇口岸正常的進出口秩序。

南京海關(guān)堅決貫徹“依法行政、為國把關(guān)，服務(wù)經(jīng)濟、促進發(fā)展”工作方針，大力推進通關(guān)作業(yè)改革，加快建設(shè)現(xiàn)代海關(guān)制度，“管好自己的人，把好國家的門”，為促進江蘇省開放型經(jīng)濟發(fā)展作出了貢獻。