哈爾濱海關為正局級直屬海關，下轄一個副廳級機構和36個處級機構，其中：哈爾濱海關內設正處級機構17個,副處級機構1個；哈爾濱海關共有隸屬海關機構18個。哈爾濱海關下設走私犯罪偵查分局（副廳級）。
哈爾濱關區所轄范圍為黑龍江省全境，面積為45.39萬平方公里，山川秀麗，物產豐富,邊境線長達3045公里，全部與俄羅斯接壤，是亞洲及太平洋地區陸路通往俄羅斯和歐洲大陸的重要通道。除哈爾濱經濟技術開發區海關、齊齊哈爾海關、牡丹江海關、佳木斯海關、大慶海關以外，其余13個海關均為邊境口岸海關，其中包括我國最北端的漠河海關，最東端的撫遠海關。中俄邊境小額貿易、邊民互市貿易是黑龍江省對外貿易的一大特色。哈爾濱海關設在哈爾濱市，她地處富饒的松嫩平原東端，美麗的松花江南岸，所轄阿城、尚志、雙城、五常4市和呼蘭、賓縣、方正、依蘭、巴彥、木蘭、通河、延壽8縣。
哈爾濱海關前身為哈爾濱關，建立于1907年，至今已有90多年的歷史。1946年前，被洋人所控制，屬于半殖民地性質的海關，成為列強傾銷商品、掠奪中國財富，進行經濟侵略的工具。1946年哈爾濱解放后她才回到人民手中。哈爾濱海關的歷史，是中國海關從屈辱走向光榮的縮影，是中國從衰落走向強盛的歷史見證。
滄桑回首，時世變遷。從1980年恢復建制至今，哈爾濱海關已經走過了20年的不平凡歷程。在海關總署的正確領導下，哈爾濱海關全體關員認真貫徹黨的路線、方針、政策，堅持以鄧小平理論指導改革與發展的實踐，解放思想、銳意進取，在履行海關監管職能，促進本地區對外經濟貿易發展等方面做出了應有的貢獻。今后，我們將嚴格貫徹“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”的海關業務指導思想，堅持“從嚴治關”，加快通關作業改革步伐，加強海關干部隊伍建設，在建立社會主義市場經濟體制，加快對外開放的大格局中發揮更大的作用。
