保稅港區無論是自由度還是開放度，都遠不如自由貿易港區。因為保稅港區僅享有優惠的稅收政策，仍實行較嚴格的備案管理，手續簡化有限。為此，九三學社社員、上海海事大學教師方敏和肖鐘熙建議，將浦東航空港、洋山深水港與外高橋港區三港連成一片，建成浦東自由貿易港區。
方敏和肖鐘熙認為，貿易便利化加速要素跨境流通，降低貿易成本，是國際貿易的發展趨勢，也是國際貿易中的競爭手段。2010年，我國在世界貿易便利指數排名中排第48位，上海雖然在貿易便利化方面走在全國前列，但與發達經濟體相比仍有較大差距。
“設立自由貿易區是國際上通行的做法，可保證國際航運中心成為高度便利的平臺，使貨物流通過程中的手續最大限度地簡化，而且這些手續能夠無縫連接以加速貨物的流通與降低成本。”方敏說，上海口岸外貿貨物總值幾乎占全國外貿總額三分之一，通過三港的外貿貨物占上海口岸85%以上。在通過上海口岸的外貿貨物中，中轉貨物在上海口岸占六成，表明上海建設自由貿易港區后受益地區多。此外，“屬地申報，口岸放行”的大通關方式目前已運用于三分之一外貿貨物，上海國際航運中心便利化建設已有相當基礎。上海三港在此方面還具有獨特優勢，包括了空港、海港在內自由港區，將能實現海空聯運、空運中轉，很好滿足海空聯運攀升的需求。
不過，要一步到位建成自由貿易港區還有很大困難。方敏和肖鐘熙建議，上海需要按照《國務院關于推進上海加快發展現代服務業和先進制造業建設國際金融中心和國際航運中心的意見》精神，在建設“國際航運發展綜合試驗區”過程中加快功能建設。
他們提出，在試驗區中，除實行《意見》中提出的優惠政策外，可把一些自由貿易港區的功能建設作為提高體制運行效率的創新舉措，在洋山港區“先行先試”，然后在外高橋港區與浦東航空港推行，把三港打造成在現行政策條件下開放度最高、貿易便利化程度最高的平臺，成為實質上的自由貿易港區。
他們還建議，根據《意見》中“探索創新海關特殊監管區域的管理制度，更好地發揮洋山保稅港區的功能”的要求，除盡快落實啟運港退稅政策，還可在海關監管制度上有所突破：如開辟綠色通道，保證海關在網上根據電子標簽提供的信息解決三港間自由移動；解決好國際中轉與海空中轉過程中拆并箱問題；在港區內設立保稅倉庫為貨物在港區內進行加工提供方便等。
